对外贸易经营者备案登记程序如下：
（一）领取《对外贸易经营者备案登记表》（以下简称《登记表》）。对外贸易经营者可以通过商务部政府网站下载，或到所在地备案登记机关领取《登记表》
（二）填写《登记表》。对外贸易经营者应按《登记表》要求认真填写所有事项的信息，并确保所填写内容是完整的、准确的和真实的；同时认真阅读《登记表》背面的条款，并由企业法定代表人或个体工商负责人签字、盖章。
（三）向备案登记机关提交如下备案登记材料：
1、按本条第二款要求填写的《登记表》；
2、营业执照复印件；
3、组织机构代码证书复印件；
4、对外贸易经营者为外商投资企业的，还应提交外商投资企业批准证书复印件；
5、依法办理工商登记的个体工商户（独资经营者），须提交合法公证机构出具的财产公证证明；依法办理工商登记的外国（地区）企业，须提交经合法公证机构出具的资金信用证明文件。
注意点：
1、备案登记机关应自收到对外贸易经营者提交的上述材料之日起5日内办理备案登记手续，在《登记表》上加盖备案登记印章。
2、对外贸易经营者应凭加盖备案登记印章的《登记表》在30日内到当地海关、检验检疫、外汇、税务等部门办理开展对外贸易业务所需的有关手续。逾期未办理的，《登记表》自动失效。
出口企业现阶段只需要去外汇管理局，海关以及税务机关备案就可以了，商务部的对外贸易经营者备案已经取消了。
1.出口企业或其他单位首次向税务机关申报出口退(免)税，应向主管税务机关办理出口退(免)税备案。
2.出口企业进行首次启运港退(免)税申报时，即视为出口企业完成启运港退(免)税备案。
3.横琴、平潭区内从区外购买货物的企业、区内水电气企业适用增值税和消费税退税政策的，应当向主管税务机关办理出口退(免)税备案手续。
4.退税代理机构首次申报境外旅客离境退税结算时，应先向主管税务机关办理退税代理机构备案
5、出口企业或其他单位备案登记的内容发生变更的，须自变更之日起30日内办理备案变更，需清税注销或撤回备案的应向主管税务机关申请办理撤回出口退（免）税备案手续。
6、经营融资租赁货物出口业务的企业应在首份融资租赁合同签订之日起30日内，向主管税务机关办理经营融资租赁退税备案手续。融资租赁业务出租方退税备案内容变更或撤回的，需向主管税务机关办理备案变更或备案撤回手续。